Al amanecer del 22 de mayo de 1811, la caravana que llevaba a los principales insurgentes, atados a mujeriegas, salió sobre mulas de Acatita de Bajan rumbo a Monclova. El 8 de abril de 1811 se tuvo conocimiento en la capital de la aprensión de los insurgentes, por aviso de Félix María Calleja. El virrey Venegas ordeno el 13 de abril que los prisioneros fueran juzgados en Chihuahua por un consejo de guerrea y que la sentencia fuera ejecutada sin pérdida de tiempo. La salida de los veintiocho prisioneros, entre ellos: Hidalgo, Allende, Santa María, Jiménez, Aldama, Lanzagorta y Abasolo, continúo con el martirio hacia Chihuahua el 26 de marzo de 1811.En el camino llegaron a San Lorenzo donde se separó a los eclesiásticos de los demás reos excepto Hidalgo. Los eclesiásticos tomaron rumbo a Durango. 23 de abril de 1811 llegaron a Chihuahua, una vez en la plaza de san Felipe, Hidalgo, Allende, Aldama, Jiménez y otros jefes fueron alojados en el ex colegio de la compañía de Jesús.El 6 de mayo se comisiono a Ángel Abella para formar procesos de Hidalgo, Allende, Aldama y Jiménez. A las seis de la mañana del 25 de junio, Abella se presentó en el calabozo de Allende, y haciéndolo poner de rodillas le leyó la sentencia, llamo a un confesor, y un minuto después hizo lo mismo con Aldama, Jiménez y Santa María. El miércoles 26 de junio se cumplió la sentencia.Se les puso una venda en los ojos, se les obligo a dar la espalda a sus verdugos, y a la voz de Pedro Armendáriz, cuatro balas certeras dieron muerte a los primeros insurgentes. Un mes y unos días más tarde Hidalgo correría la misma suerte.Antes de que llegase el momento de ser ejecutado, Hidalgo se confesó con el P. Juan José Baca y comulgó, por lo que quedó libre toda excomunión. Al amanecer del 30 de julio de 1811, cuando llegó la hora del fusilamiento, pidió que no le vendaran los ojos ni le dispararan por la espalda. Pidió que le dispararan a su mano derecha, que puso sobre el corazón. Hubo necesidad de dos descargas de fusilería y dos tiros de gracia disparados a quemarropa contra su corazón para acabar con su vida, tras lo cual un comandante tarahumara, de apellido Salcedo, le cortó la cabeza de un solo tajo con un machete, para recibir una bonificación de veinte pesos pesos. Posteriormente, su cuerpo fue enterrado en la capilla de San Antonio del templo de San Francisco de Asís, en la misma ciudad de Chihuahua, y su cabeza fue enviada a Guanajuato y colocada en la Alhóndiga de Granaditas, en cada esquina y dentro de una jaula de hierro, junto a las de Ignacio Allende, Juan Aldama y Mariano Jiménez, en donde permaneció por diez años.